Manteuffel đã đóng góp không nhỏ đến việc ký kết thỏa thuận Gastein vào ngày 20 tháng 8 năm 1864, và thỏa thuận này đã ngăn ngừa nguy cơ chiến tranh giữa Áo và Phổ trong một thời gian. Thỏa thuận này đã tạo điều kiện cho Bismarck hất cẳng Manteuffel khỏi kinh đô Berlin: nhận thấy sự cấp thiết của việc bổ nhiệm một người có tầm vóc và tài năng về ngoại giao để làm Thống đốc Schleswig, Thủ tướng và Roon, mặc dù khó nhọc, đã thuyết phục được Quốc vương trao quyền kiểm soát Schleswig cho Manteuffel. Không những loại bỏ được đối thủ bảo thủ cực đoan của mình,[17][19][20] đây cũng là chủ ý của Thủ tướng: do Manteuffel trên thực tế là người thân Áo nhất trong triều đình Phổ (điều có thể gây hại cho chính sách chống Áo của Bismarck), Bismarck biết rằng việc cử ông làm người đại diện của Phổ ở hai công quốc mà Phổ và Áo đã phối hợp chinh phạt có thể tạo nên một tạm ước là điều kiện hai nước chiếm đóng vốn đang mâu thuẫn, và một khi Manteuffel không thể giàn hòa với Áo, vua Phổ sẽ có cớ để tuyên bố rằng người Áo đã cố tình không chịu thỏa thuận vì lợi ích chung với Phổ, và Bismarck sẽ dật dây cho nhà vua khai chiến với Áo.[1][21] Tướng Hermann von Tresckow thay ông điều khiển Khoa Nhân sự Phổ vào năm 1865.[22]

Manteuffel đã gặp khó khăn khi cai quản Schleswig. Gablenz, Tổng tư lệnh quân đội Áo ở Holstein, thì ngược lại: do chính sách của Áo hướng tới việc thừa nhận người đòi quyền thừa kế Augustenburg làm công tước cai trị cả hai công quốc, không có khó khăn cho người Áo để hòa nhập với Holstein. Ngược lại, Manteuffel đã tỏ ra quyết liệt trong việc phản đối yêu cầu đưa Augustenburg lên làm chúa tể của hai công quốc, và phản ứng mạnh mẽ với thái độ xem nhẹ Phổ của Augustenburg. Giờ đây, điều mà Bismarck thấy trước đã đến: mọi tình cảm thân Áo của Manteuffel hoàn toàn tan biến trước vấn đề Schleswig-Holstein. Khi người đòi quyền thừa kế Augustenburg, cảm thấy an toàn vì được Áo, tự tấn phong mình làm Quận công vào ngày 14 tháng 10 năm 1865, Manteuffel thông báo với ông này vào ngày 16 tháng 10, rằng nếu Augustenburg không chịu nhượng bộ, viên tướng Phổ sẽ bắt giam Augustenburg. Khi tướng Gablenz, trái ngược với Thỏa thuận Gastein, triệu tập các địa chủ ở Holstein tại Itzehoe vào tháng 6 năm 1866, Manteuffel, được lệnh của triều đình, đã viết thư gửi Gablenz rằng do Áo đã vi phạm thỏa thuận, ông cần phải giành quyền kiểm soát cả hai công quốc ngay lập tức. Vào ngày 7 tháng 6, Manteuffel đem quân đến Holstein. Do lực lượng chênh lệch, Gablenz đã rút quân cùng với người đòi quyền kế vị Augustenburg. Manteuffel đã chiếm Itzehoe và chấm dứt cuộc họp mặt mà Gablenz dự kiến. Ngày 10 tháng 6 năm 1866, ông tuyên bố với dân Holstein: "Để bảo vệ quyền lợi bị đe dọa của Quốc vương Bệ hạ, tôi buộc lòng phải giành lấy quyền thống trị tối cao ở Công quốc Holstein". Gablenz đã vượt khỏi sông Elbe, và vào ngày 15 tháng 6, sau khi Chiến tranh Áo-Phổ bùng nổ, Manteuffel tiến vào Vương quốc Hanover. Ngày 18 tháng 6, quân ông chiếm Stade và thu được rất nhiều kho đạn dược. Trước bước tiến nhanh chóng của Manteuffel, Gablenz rút quân qua Harburg tới Cassel.[1][7]

Với tư cách là một sư đoàn trưởng trong Tập đoàn quân Main của Thượng tướng Bộ binh Falckenstein,[5] Manteuffel đã tham gia trong trận Langensalza.[1] Ông cũng đánh thắng quân đội Bayern trong trận Waldaschach vào đầu tháng 7. Khi Falckenstein được thuyên chuyển sang chiến trường Böhmen giữa Phổ và Áo, Manteuffel thay ông ta làm Tổng tư lệnh Tập đoàn quân Main vào tháng 7 năm 1866. Được lệnh tiến hành các chiến dịch chống các bang Nam Đức, Manteuffel đã thực hiện nhiệm vụ một cách quyết đoán. Ông buộc thành phố Frankfurt phải giao nộp 30 triệu florin chiến phí cho Phổ, nhưng hội đồng thành phố thà để để Frankfurt bị tàn phá còn hơn phải nộp chiến phí. Và, vào ngày 23 tháng 7 năm 1866, Manteuffel hành binh đến sông Tauber. Vào ngày 24 tháng 7, ông đánh bại quân Baden trong một trận đánh gần Werbach, và đánh thắng liên quân Áo - Nassau - Hesse - Württemberg gần Bischofsheim. Vào ngày 25 tháng 7, ông đập tan toàn bộ Quân đoàn VIII của Liên minh Đức trong trận Gerchsheim, và quân đội Bayern trong trận Helmstadt và Roßbrunn. Tiếp theo các thắng lợi của mình, ngày 27 tháng 7, ông dừng chân trước Würzburg và pháo kích thành công vào Marienberg, trước khi hai bên ngưng chiến. Những chiến thắng nhanh chóng của ông đã khiến cho các đồng minh Nam Đức không thể chi viện cho Áo, và tạo điều kiện cho Phổ sáp nhập một số bang nhỏ. Manteuffel đã cai trị thành phố Frankfurt một cách bạo ngược, và bị thị dân ở đây căm phẫn.[5][23]< Thành công của ông trong các chiến dịch năm 1866 đã khiến cho ông được tặng thưởng Huân chương Quân công của Phổ, nhưng do quan điểm chính trị bảo hoàng và niềm tin Công giáo cuồng nhiệt của ông, quốc hội coi ông là phản động và từ chối thưởng lương cho ông như các tướng lĩnh khác.[3]

Sau chiến tranh, ông đã tham gia một phái bộ tới Sankt-Peterburg, và đàm phán thành công với triều đình Nga. Nga hoàng đã hấp thuận tình hình Bắc Đức hiện tại, theo đó Phổ sáp nhập Schleswig-Holstein, Hanover, Nassau, Tuyển hầu quốc Hesse, và Frankfurt. Trở về nước, ông đã bổ nhiệm làm Đại tá danh dự của Trung đoàn Long kỵ binh số 5. Ông lãnh chức Tư lệnh Quân đoàn IX (Schleswig-Holstein) năm 1866. Nhưng, nguyên là một người có quyền lực về cả chính trị lẫn dân sự ở các công quốc sông Elbe, ông không chấp nhận là một chỉ huy quân sự bình thường dưới quyền một trong những cấp dưới về dân sự của ông trước kia, và vì thế Manteuffel rút khỏi quân ngũ trong vòng 1 năm. Ông nhận được nhiều lộc thánh từ nhà thờ Công giáo ở Naumburg, và một kẻ thù của ông từng đả kích Manteuffel: "Một chân ở quân đội, một chân ở nhà thờ Công giáo, cái đầu ông ta ở ngành ngoại giao, và con tim ông ta không có ở đâu". Tuy nhiên, vào tháng 10 năm 1868, ông trở lại phục vụ quân ngũ, với vai trò tư lệnh Quân đoàn I.[1][3]